Metatranscriptome Sequencing

Metatranscriptome Seq

복잡한 환경 전반에서 미생물 유전자 발현, 기능적 활성 및 반응을 규명하기 위한 군집 전체의 전사체 프로파일링입니다.

메타전사체학은 RNA-seq을 활용하여 특정 시점의 미생물 군집 내 유전자 발현을 연구하고 가장 활발하게 발현되는 유전자를 규명합니다. NGS 기반 무작위 mRNA 시퀀싱을 통해 포괄적인 발현 프로파일을 제공하여 미생물 군집의 구조, 기능 및 적응에 대한 통찰을 제공합니다.

Novogene은 이 분석을 위해 첨단 Illumina NovaSeq 플랫폼을 활용합니다. 150염기쌍(bp) 페어드엔드 프로토콜을 사용하여 정확도와 품질이 뛰어난 쇼트 리드 데이터를 일관되게 생성합니다. 풍부한 경험과 대규모 시퀀싱 역량을 바탕으로 Novogene은 다양한 연구 요구를 충족하는 맞춤형 서비스를 제공합니다.

노보진 Metatranscriptome Seq: 장점 & 특징

풍부한 경험

연간 100만 개 이상의 RNA-seq 샘플을 제공합니다.

현지 지원

지역 시퀀싱 시설과 전담 고객 서비스를 제공합니다.

포괄적인 솔루션

처리가 까다롭거나 투입량 또는 품질이 낮은 원핵생물 샘플을 위한 맞춤형 워크플로와 생물정보학 분석을 제공합니다.

뛰어난 데이터 품질

제조업체의 성능 기준을 지속적으로 뛰어넘습니다.

Metatranscriptome Seq의 응용 분야

메타전사체학은 특정 시점과 특정 환경에서 미생물 군집의 유전체 전반에 걸친 전사 활성과 조절 패턴을 연구합니다. 또한 미생물 군집 내에서 전사 활성을 보이는 세균 분류군과 핵심 유전자의 발현을 현장(in situ)에서 특성화할 수 있습니다.

미생물 군집 분석

전사 프로파일링을 통해 군집 구성, 기능적 활성 및 형질 변화를 규명합니다.

병원체 검출 및 정량화

임상 및 환경 샘플에서 표적 병원체를 식별하고 상대적 풍부도를 추정합니다.

전사 활성을 보이는 미생물 및 기능적 활성

우점 또는 활성 미생물 종과 이들의 기능적 잠재력을 탐구합니다.

핵심 유전자 스크리닝 및 경로 분석

대사 경로 분석과 함께 핵심 유전자를 스크리닝하고 기능적 특성을 규명합니다.

세부사항

샘플 준비방법

샘플 양은 참고용으로만 제시되어 있습니다. 자세한 내용은 샘플준비 가이드를 다운로드하여 확인하세요. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
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프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

세부사항

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

샘플 준비방법

Library Type	Sample Type	Amount	Volume	Concentration	RIN (Agilent 2100)	Purity
Metatranscriptome Library (double rRNA depletion)	Total RNA	≥ 400 ng	≥ 20 μL	≥ 20 ng/μL	≥ 5.8, with flat baseline	OD260/280 ≥ 2.0; OD260/230 ≥ 2.0; no degradation, no contamination

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq Platforms
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample
Content of Data Analysis	Data Quality Control Metatranscriptome Assembly Species Annotation Functional Annotation Gene Expression Quantification Differential Expression Analysis Enrichment Analysis

프로젝트 워크플로우

Novogene의 메타전사체 시퀀싱 워크플로는 엄격한 단계별 프로세스를 통해 고품질 결과를 보장합니다.

데이터 분석 예시

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종 풍부도 클러스터링

이 분석은 종 풍부도 패턴을 기반으로 샘플 또는 종을 클러스터링하여 군집 구성의 유사점과 차이점을 밝히고, 군집 구조의 변화를 주도하는 핵심 분류군을 식별합니다.

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종 풍부도 기반 샘플 클러스터 분석

이 분석은 유사한 종 풍부도 패턴을 가진 샘플을 그룹화하여 잠재적인 샘플 연관성, 생태학적 유사성 또는 환경 요인이나 실험 처리와 관련된 그룹화 경향을 밝힙니다.

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종 차이에 대한 계통수

이 계통수는 종 간의 진화적 관계와 분화 패턴을 시각적으로 보여주어 분류군 전반의 유전적, 형태적 또는 생태학적 주요 차이를 식별하는 데 도움을 줍니다.

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Circos plot of ARO abundance

This Circos plot intuitively visualizes the relative abundance and distribution patterns of Antimicrobial Resistance Genes (AROs) across samples or microbial taxa.

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Distribution- and abundance-based cluster analysis of resistance gene types

This analysis clusters resistance gene types based on their distribution patterns and abundance levels to reveal associations between gene groups and environmental/biological factors, supporting resistance mechanism research.

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Volcano plot of differentially expressed genes

The Volcano plot of differentially expressed genes visually displays the fold change and statistical significance of gene expression differences between groups, enabling rapid identification of significantly upregulated/downregulated genes.

데이터 분석 예시

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종 풍부도 클러스터링

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종 풍부도 기반 샘플 클러스터 분석

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종 차이에 대한 계통수

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Circos plot of ARO abundance

This Circos plot intuitively visualizes the relative abundance and distribution patterns of Antimicrobial Resistance Genes (AROs) across samples or microbial taxa.

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Distribution- and abundance-based cluster analysis of resistance gene types

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Volcano plot of differentially expressed genes

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