De novo 시퀀싱은 참조 유전체에 의존하지 않고 특정 종의 유전체를 시퀀싱하고 조립하여 해당 종의 완전한 유전체 서열 지도를 구축하는 방법입니다. 이 접근법은 포괄적인 유전체 서열 지도를 제공할 뿐만 아니라 해당 종의 진화적 기원과 특정 환경에 대한 적응을 추가로 연구하기 위한 기반을 마련합니다.
Novogene은 실험 수행과 생물정보학 분석에 대한 풍부한 경험을 바탕으로 종의 특성을 정확하고 신속하며 종합적으로 규명하고 신뢰할 수 있는 결과를 제공합니다. 또한 Novogene의 엔드투엔드 서비스는 매우 빠른 처리 시간을 보장합니다.
다양한 식물 및 동물 종에 대해 참조 수준의 유전체를 조립한 입증된 전문성을 보유하고 있습니다.
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업계 표준 성능과 유전체 조립에 적합한 Contig N50을 갖춘 고품질 시퀀싱 데이터를 제공합니다.
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롱 리드와 쇼트 리드 데이터를 결합한 유연한 De novo 시퀀싱 전략으로 포괄적인 유전체 조립을 지원합니다.
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롱 리드 데이터 기반의 엔드투엔드 조립 솔루션을 제공하며, T2T 유전체와 Hi-C 통합을 통한 염색체 수준 조립을 지원합니다.
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프로젝트 추적, 데이터 접근 및 전체 시퀀싱 워크플로에서의 원활한 협업을 지원하는 중앙집중식 플랫폼입니다.
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다양한 식물 및 동물 종에 대해 참조 수준의 유전체를 조립한 입증된 전문성을 보유하고 있습니다.
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업계 표준 성능과 유전체 조립에 적합한 Contig N50을 갖춘 고품질 시퀀싱 데이터를 제공합니다.
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롱 리드와 쇼트 리드 데이터를 결합한 유연한 De novo 시퀀싱 전략으로 포괄적인 유전체 조립을 지원합니다.
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롱 리드 데이터 기반의 엔드투엔드 조립 솔루션을 제공하며, T2T 유전체와 Hi-C 통합을 통한 염색체 수준 조립을 지원합니다.
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프로젝트 추적, 데이터 접근 및 전체 시퀀싱 워크플로에서의 원활한 협업을 지원하는 중앙집중식 플랫폼입니다.
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환경 적응의 유전적 기반을 밝히고 진화 역사를 추적하며 멸종위기종 보호를 위한 중요한 통찰을 제공합니다.
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질병 저항성, 생산성 및 유용 형질과 관련된 유전자를 식별하여 더 건강하고 생산성이 높은 품종 개발을 지원합니다.
질병 저항성, 생산성 및 유용 형질과 관련된 유전자를 식별하여 더 건강하고 생산성이 높은 품종 개발을 지원합니다.
더욱 효과적인 동물 질병 모델(예: 제브라피시) 구축을 지원하고, 암 저항성과 같은 특수 형질을 가진 동물의 고유한 생물학적 경로를 규명하여 신약 개발을 촉진합니다.
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완전한 유전적 청사진을 제공하여 수확량이 많고 영양이 풍부하며 스트레스에 강한 작물 품종의 육종을 지원하고 세계 식량 안보에 기여합니다.
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진화 역사를 밝히고 환경적 도전에 대한 식물 적응의 유전적 메커니즘을 규명합니다.
진화 역사를 밝히고 환경적 도전에 대한 식물 적응의 유전적 메커니즘을 규명합니다.
가치 있는 화합물과 혁신적인 농업 형질을 결정하는 새로운 유전자를 발굴하여 농업 및 생명공학 분야의 혁신을 촉진합니다.
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환경 적응의 유전적 기반을 밝히고 진화 역사를 추적하며 멸종위기종 보호를 위한 중요한 통찰을 제공합니다.
환경 적응의 유전적 기반을 밝히고 진화 역사를 추적하며 멸종위기종 보호를 위한 중요한 통찰을 제공합니다.
질병 저항성, 생산성 및 유용 형질과 관련된 유전자를 식별하여 더 건강하고 생산성이 높은 품종 개발을 지원합니다.
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더욱 효과적인 동물 질병 모델(예: 제브라피시) 구축을 지원하고, 암 저항성과 같은 특수 형질을 가진 동물의 고유한 생물학적 경로를 규명하여 신약 개발을 촉진합니다.
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완전한 유전적 청사진을 제공하여 수확량이 많고 영양이 풍부하며 스트레스에 강한 작물 품종의 육종을 지원하고 세계 식량 안보에 기여합니다.
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진화 역사를 밝히고 환경적 도전에 대한 식물 적응의 유전적 메커니즘을 규명합니다.
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가치 있는 화합물과 혁신적인 농업 형질을 결정하는 새로운 유전자를 발굴하여 농업 및 생명공학 분야의 혁신을 촉진합니다.
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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|---|---|---|---|
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| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용으로만 제공됩니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 내용은 문의하기를 통해 연락해 주십시오.linebreak
| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
Kmer=17 분석 및 유전체 크기 평가
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Kmer=17 분석 및 유전체 크기 평가
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
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| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Contig N50 및 Scaffold N50 지표를 확보하는 것 외에도 조립 품질을 평가하는 것이 중요합니다. 일반적인 평가 방법으로는 BUSCO, LAI, Merqury, CEGMA, EST 서열 평가, RNA 서열 평가 및 컨센서스 평가가 있습니다. 이 중 BUSCO는 단일 사본 상동 유전자 라이브러리를 사용하여 유전체를 평가하고, LAI는 긴 말단 반복 역전이인자를 기반으로 유전체 완전성을 평가하며, Merqury는 유전체의 QV(Quality Value)를 평가합니다. 현재 이 세 가지 평가 방법이 가장 널리 사용되고 있습니다.
문의 내용을 보내주시면 Novogene 전문가가 연락드리겠습니다.
De novo 시퀀싱은 참조 유전체에 의존하지 않고 특정 종의 유전체를 시퀀싱하고 조립하여 해당 종의 완전한 유전체 서열 지도를 구축하는 방법입니다. 이 접근법은 포괄적인 유전체 서열 지도를 제공할 뿐만 아니라 해당 종의 진화적 기원과 특정 환경에 대한 적응을 추가로 연구하기 위한 기반을 마련합니다.
Novogene은 실험 수행과 생물정보학 분석에 대한 풍부한 경험을 바탕으로 종의 특성을 정확하고 신속하며 종합적으로 규명하고 신뢰할 수 있는 결과를 제공합니다. 또한 Novogene의 엔드투엔드 서비스는 매우 빠른 처리 시간을 보장합니다.
다양한 식물 및 동물 종에 대해 참조 수준의 유전체를 조립한 입증된 전문성을 보유하고 있습니다.
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업계 표준 성능과 유전체 조립에 적합한 Contig N50을 갖춘 고품질 시퀀싱 데이터를 제공합니다.
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롱 리드와 쇼트 리드 데이터를 결합한 유연한 De novo 시퀀싱 전략으로 포괄적인 유전체 조립을 지원합니다.
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롱 리드 데이터 기반의 엔드투엔드 조립 솔루션을 제공하며, T2T 유전체와 Hi-C 통합을 통한 염색체 수준 조립을 지원합니다.
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프로젝트 추적, 데이터 접근 및 전체 시퀀싱 워크플로에서의 원활한 협업을 지원하는 중앙집중식 플랫폼입니다.
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롱 리드와 쇼트 리드 데이터를 결합한 유연한 De novo 시퀀싱 전략으로 포괄적인 유전체 조립을 지원합니다.
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롱 리드 데이터 기반의 엔드투엔드 조립 솔루션을 제공하며, T2T 유전체와 Hi-C 통합을 통한 염색체 수준 조립을 지원합니다.
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프로젝트 추적, 데이터 접근 및 전체 시퀀싱 워크플로에서의 원활한 협업을 지원하는 중앙집중식 플랫폼입니다.
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환경 적응의 유전적 기반을 밝히고 진화 역사를 추적하며 멸종위기종 보호를 위한 중요한 통찰을 제공합니다.
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질병 저항성, 생산성 및 유용 형질과 관련된 유전자를 식별하여 더 건강하고 생산성이 높은 품종 개발을 지원합니다.
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더욱 효과적인 동물 질병 모델(예: 제브라피시) 구축을 지원하고, 암 저항성과 같은 특수 형질을 가진 동물의 고유한 생물학적 경로를 규명하여 신약 개발을 촉진합니다.
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완전한 유전적 청사진을 제공하여 수확량이 많고 영양이 풍부하며 스트레스에 강한 작물 품종의 육종을 지원하고 세계 식량 안보에 기여합니다.
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진화 역사를 밝히고 환경적 도전에 대한 식물 적응의 유전적 메커니즘을 규명합니다.
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가치 있는 화합물과 혁신적인 농업 형질을 결정하는 새로운 유전자를 발굴하여 농업 및 생명공학 분야의 혁신을 촉진합니다.
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환경 적응의 유전적 기반을 밝히고 진화 역사를 추적하며 멸종위기종 보호를 위한 중요한 통찰을 제공합니다.
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질병 저항성, 생산성 및 유용 형질과 관련된 유전자를 식별하여 더 건강하고 생산성이 높은 품종 개발을 지원합니다.
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더욱 효과적인 동물 질병 모델(예: 제브라피시) 구축을 지원하고, 암 저항성과 같은 특수 형질을 가진 동물의 고유한 생물학적 경로를 규명하여 신약 개발을 촉진합니다.
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완전한 유전적 청사진을 제공하여 수확량이 많고 영양이 풍부하며 스트레스에 강한 작물 품종의 육종을 지원하고 세계 식량 안보에 기여합니다.
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진화 역사를 밝히고 환경적 도전에 대한 식물 적응의 유전적 메커니즘을 규명합니다.
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가치 있는 화합물과 혁신적인 농업 형질을 결정하는 새로운 유전자를 발굴하여 농업 및 생명공학 분야의 혁신을 촉진합니다.
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
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| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용으로만 제공됩니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 내용은 문의하기를 통해 연락해 주십시오.linebreak
| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
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| Platform Type | Sample Type | Amount (Qubit®) | Purity |
|---|---|---|---|
| Illumina NovaSeq System | Genomic DNA | ≥ 200 ng | OD260/280=1.8-2.0; no degradation, no contamination |
| PacBio Revio System | HMW Genomic DNA | ≥ 3.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.5~2.6; *NC/QC=1.00~2.20; Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION | HMW Genomic DNA | ≥ 8.5 μg | OD260/280=1.75~2.0; OD260/230=1.4~2.6; *NC/QC=0.95~3.00 Fragments should be ≥30K |
| Nanopore PromethION (Nanopore Ultra-long DNA Library) | uHMW Genomic DNA | ≥ 20 μg | OD260/280=1.7-2.0; OD260/230=1.3-2.6; *NC/QC=0.95-3.00; Fragments should be ≥ 100k, no fragments below 30k. |
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| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용으로만 제공됩니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 내용은 문의하기를 통해 연락해 주십시오.linebreak
| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용으로만 제공됩니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 내용은 문의하기를 통해 연락해 주십시오.linebreak
| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
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| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
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표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용으로만 제공됩니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 내용은 문의하기를 통해 연락해 주십시오.linebreak
| Sequencing Type | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio System | Nanopore PromethION System |
|---|---|---|---|
| Read Length | Paired-end 150 bp | N50>15 kb | Average > 50 kb |
| Recommended Sequencing Depth | For genome survey or assembly polishing: ≥ 50× RNA requires 4 to 6 different tissue sites. | For genome assembly: ≥ 30× | |
| Standard Analysis | K-mer analysis GC content analysis Repeat content rate evaluation Heterozygous rate evaluation Genome size evaluation | Long-read assembly Assembly statistics Gene completeness evaluation |
|
| Genome Annotation | － | Repeat prediction Structure prediction Function prediction Noncoding RNA prediction |
|
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
곡물진딧물 유전체의 A/T/G/C 함량 통계
BUSCO 평가 결과
참고: C: 완전한 BUSCO; S: 완전한 단일 사본 BUSCO; D: 완전한 중복 BUSCO; F: 단편화된 BUSCO; M: 누락된 BUSCO; n: 검색된 전체 BUSCO 그룹 수
x축: GC 함량; y축: 시퀀싱 깊이.
상단: GC 함량 분포.
오른쪽 하단: 시퀀싱 깊이 분포.
유전자 세트 근거 지원의 벤 다이어그램입니다. Augustus, GlimmerHMM, SNAP, Geneid 및 Genscan은 De novo 유전자 구조 예측에 사용됩니다.
유전자 기능 주석의 벤 다이어그램입니다. 유전자 구조를 통해 예측된 단백질 서열을 알려진 단백질 데이터베이스와 정렬합니다. 결과에 따르면 유전자의 95.8%에 대한 기능을 예측할 수 있었습니다.
Kmer=17 분석 및 유전체 크기 평가
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Kmer=17 분석 및 유전체 크기 평가
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
| Sample | Kmer | Depth | n_kmer | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Genome_size(M) | Repeat_rate(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| plant | 17 | 36 | 24,079,467,724 | 668.87 | 668.87 | 668.87 | 73 |
Contig N50 및 Scaffold N50 지표를 확보하는 것 외에도 조립 품질을 평가하는 것이 중요합니다. 일반적인 평가 방법으로는 BUSCO, LAI, Merqury, CEGMA, EST 서열 평가, RNA 서열 평가 및 컨센서스 평가가 있습니다. 이 중 BUSCO는 단일 사본 상동 유전자 라이브러리를 사용하여 유전체를 평가하고, LAI는 긴 말단 반복 역전이인자를 기반으로 유전체 완전성을 평가하며, Merqury는 유전체의 QV(Quality Value)를 평가합니다. 현재 이 세 가지 평가 방법이 가장 널리 사용되고 있습니다.
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