RNA Immunoprecipitation Sequencing (RIP-seq)

RNA Immunoprecipitation Seq (RIP-seq)

RNA-단백질 상호작용을 전사체 전반에서 프로파일링하여 전사 후 조절 및 RNA 조절 메커니즘을 규명합니다.

RNA 면역침전 시퀀싱(RIP-seq 또는 RIP 시퀀싱)은 단백질-RNA 상호작용을 체계적으로 분석하기 위한 고처리량 RNA 시퀀싱 기술입니다. 표적 단백질과 RNA 분자 간의 결합 양상을 유전체 전반에서 특성화하여 유전자 발현, RNA 스플라이싱, RNA 안정성, 세포 내 위치 및 번역 조절과 같은 핵심 생물학적 과정에서 RNA 결합 단백질(RBP)의 조절 메커니즘을 규명합니다.

특히 이 기술은 단일 실험에서 mRNA와 비암호화 RNA(ncRNA)를 포함한 다양한 RNA 유형을 동시에 검출할 수 있습니다. RIP-seq을 ChIP-seq 및 ATAC-seq과 같은 상호 보완적인 기술과 통합하면 생물학적 활동의 분자적 기반에 대한 종합적이고 심층적인 통찰을 제공하는 멀티오믹스 분석이 가능합니다.

노보진의 RIP-seq : 장점 & 특징

신속한 처리 및 대규모 처리 역량

업계 최고 수준의 신속한 결과 제공.

소량의 샘플으로 가능

Fragmented RNA 초저투입량 – 20ng까지 가능

종합 분석

RIP-seq은 lncRNA 및 miRNA와 같은 ncRNA를 중심으로 RNA-RBP 상호작용 네트워크를 다각적으로 해석합니다.

RIP-seq의 응용 분야

RIP-seq은 RNA 생물학 및 유전자 조절 분야에서 널리 활용됩니다. 주요 응용 분야는 다음과 같습니다.

RNA 결합 단백질의 RNA 표적 식별

RIP-seq을 통해 특정 RBP에 결합된 RNA를 매핑하여 해당 단백질의 조절 표적을 식별할 수 있습니다. 이러한 표적에는 mRNA 및 비암호화 RNA(ncRNA)가 포함될 수 있습니다.

발달 및 질병에서의 RNA-단백질 상호작용 이해

RIP-seq을 사용하여 RBP가 배아 발생, 세포 분화 및 암과 같은 질병에서 RNA 처리를 어떻게 조절하는지 조사할 수 있습니다.

ncRNA 기능 규명

RIP-seq을 사용하여 특정 RBP에 결합된 비암호화 RNA(ncRNA)를 연구하고 그 조절 기능에 대한 통찰을 얻을 수 있습니다.

세부사항

샘플 준비방법

샘플 양은 참고용으로만 제시되어 있습니다. 자세한 내용은 샘플준비 가이드를 다운로드하여 확인하세요. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

Novogene의 RIP-seq 서비스는 네 단계로 구성됩니다. 첫 번째 단계인 샘플 준비에 이어 RNA 라이브러리 제작과 Illumina PE150 시퀀싱을 진행하며, 마지막으로 생물정보학 파이프라인을 사용해 데이터를 분석합니다. RNA 샘플링부터 데이터 보고서 생성까지 각 단계는 데이터 산출물의 품질과 양에 영향을 미칠 수 있으며, 이는 후속 생물정보학 분석 결과에 직접적인 영향을 줍니다. Novogene은 샘플 품질 관리, 라이브러리 품질 관리 및 시퀀싱 데이터 품질 관리를 포함한 각 단계를 엄격하게 검증하여 시퀀싱 데이터의 높은 품질, 정확성 및 신뢰성을 보장하고 종합적인 생물정보학 분석을 제공합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

세부사항

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

데이터 분석 예시

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피크의 유전체 전반 분포

피크의 유전체 전반 분포 요약은 아래 그림에 표시되어 있습니다. 염색체에 매핑된 피크 수와 그 분포를 통해 단백질 결합 부위의 분포를 확인할 수 있습니다.

가로축은 염색체 내 피크의 좌표를 나타내고 세로축은 염색체를 나타냅니다. 각 파란색 막대는 하나의 피크를 나타냅니다.

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모티프 분석

모티프는 피크 위치의 서열 보존성을 나타내며 유전자 발현 조절에 관여할 수 있습니다. 아래는 식별된 피크 결합과 관련된 mRNA 영역의 모티프를 보여줍니다.

각 실험군에서 길이가 6, 8, 10 및 12인 가장 유의한 모티프 25개를 식별합니다. 각 모티프에 대한 자세한 정보는 결과 파일과 readme 파일을 참조하세요.

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주석 처리된 피크의 비교군 간 리드 밀도 분포

RPM은 백만 리드당 피크 영역에 농축된 리드 수입니다. 박스플롯은 서로 다른 샘플의 주석 처리된 피크 영역에서 리드 농축도를 보여주는 데 사용됩니다.

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KEGG enrichment analysis of differential peak related genes

KEGG enrichment analysis for the differential peak related genes is shown below:

데이터 분석 예시

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피크의 유전체 전반 분포

가로축은 염색체 내 피크의 좌표를 나타내고 세로축은 염색체를 나타냅니다. 각 파란색 막대는 하나의 피크를 나타냅니다.

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모티프 분석

각 실험군에서 길이가 6, 8, 10 및 12인 가장 유의한 모티프 25개를 식별합니다. 각 모티프에 대한 자세한 정보는 결과 파일과 readme 파일을 참조하세요.

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주석 처리된 피크의 비교군 간 리드 밀도 분포

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KEGG enrichment analysis of differential peak related genes

KEGG enrichment analysis for the differential peak related genes is shown below:

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Total RNA Seq

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RNA Immunoprecipitation Seq (RIP-seq)

RNA-단백질 상호작용을 전사체 전반에서 프로파일링하여 전사 후 조절 및 RNA 조절 메커니즘을 규명합니다.

노보진의 RIP-seq : 장점 & 특징

신속한 처리 및 대규모 처리 역량

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소량의 샘플으로 가능

Fragmented RNA 초저투입량 – 20ng까지 가능

종합 분석

RIP-seq은 lncRNA 및 miRNA와 같은 ncRNA를 중심으로 RNA-RBP 상호작용 네트워크를 다각적으로 해석합니다.

RIP-seq의 응용 분야

RIP-seq은 RNA 생물학 및 유전자 조절 분야에서 널리 활용됩니다. 주요 응용 분야는 다음과 같습니다.

RNA 결합 단백질의 RNA 표적 식별

발달 및 질병에서의 RNA-단백질 상호작용 이해

RIP-seq을 사용하여 RBP가 배아 발생, 세포 분화 및 암과 같은 질병에서 RNA 처리를 어떻게 조절하는지 조사할 수 있습니다.

ncRNA 기능 규명

RIP-seq을 사용하여 특정 RBP에 결합된 비암호화 RNA(ncRNA)를 연구하고 그 조절 기능에 대한 통찰을 얻을 수 있습니다.

세부사항

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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세부사항

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Peaks Distribution	Purity
Enriched RNA Sample	≥ 100 ng (Concentration ≥ 3 ng/μL)	For unfragmented sample, fragment should be ≥ 1000 bp.	A260/280>2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

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Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
Content of Data Analysis	Data quality control Alignment to the reference genome Peak calling Motif Analysis Peak annotation Functional analysis of peak-associated genes Visualization of RIP-seq data

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시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sequencing Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Paired-end 150bp
Recommended Data Amount	≥ 20 million read pairs per sample for the species with a reference genome
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데이터 분석 예시

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피크의 유전체 전반 분포

가로축은 염색체 내 피크의 좌표를 나타내고 세로축은 염색체를 나타냅니다. 각 파란색 막대는 하나의 피크를 나타냅니다.

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모티프 분석

각 실험군에서 길이가 6, 8, 10 및 12인 가장 유의한 모티프 25개를 식별합니다. 각 모티프에 대한 자세한 정보는 결과 파일과 readme 파일을 참조하세요.

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주석 처리된 피크의 비교군 간 리드 밀도 분포

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KEGG enrichment analysis of differential peak related genes

KEGG enrichment analysis for the differential peak related genes is shown below:

데이터 분석 예시

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피크의 유전체 전반 분포

가로축은 염색체 내 피크의 좌표를 나타내고 세로축은 염색체를 나타냅니다. 각 파란색 막대는 하나의 피크를 나타냅니다.

1/1

모티프 분석

각 실험군에서 길이가 6, 8, 10 및 12인 가장 유의한 모티프 25개를 식별합니다. 각 모티프에 대한 자세한 정보는 결과 파일과 readme 파일을 참조하세요.

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주석 처리된 피크의 비교군 간 리드 밀도 분포

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KEGG enrichment analysis of differential peak related genes

KEGG enrichment analysis for the differential peak related genes is shown below:

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