Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)

ChIP-seq

전사 조절과 후생유전학적 메커니즘을 밝히기 위해 단백질-DNA 상호작용과 히스톤 변형을 전장 유전체 수준에서 프로파일링합니다.

크로마틴 면역침강 시퀀싱(ChIP-seq 또는 ChIP 시퀀싱)은 단백질-DNA 상호작용을 전 유전체 수준에서 프로파일링할 수 있는 강력하고 고해상도의 기법입니다. 특히, 히스톤으로 변형된 DNA 구간, 전사 인자, 그리고 기타 DNA 관련 단백질의 결합 부위를 정확하게 지도화할 수 있게 해줍니다. 이 방법은 내인성 단백질-DNA 복합체를 선택적으로 분리하는 크로마틴 면역침강법(ChIP)의 표적 특이적 농축 능력과 차세대 염기서열 분석(NGS)의 고속 대량 시퀀싱 능력을 통합합니다, 이를 통해 포획된 DNA 조각들을 유전체 수준에서 포괄적으로 특성화할 수 있게 됩니다.

단백질-DNA 복합체가 살아있는 세포에서 회수되기 때문에, ChIP-seq은 서로 다른 세포 유형이나 조직, 또는 다양한 조건에서 결합 부위를 비교하는 데 활용할 수 있습니다. 따라서 ChIP-seq은 유전자 조절과 후생유전학적 메커니즘을 연구하는 데 필수적인 도구입니다. 또한 RNA-seq, ATAC-seq 같은 다른 기법과 결합해 다양한 생물학적 과정의 멀티오믹스에 대한 더 깊은 이해를 얻을 수 있습니다.

노보진 ChIP-seq: 장점 & 특징

빠르고 대용량 처리 가능

업계 최고 수준의 TAT

적은 요구량

초저입력 분절 DNA 처리 경험 – 5ng 이하(일반 요구사항 이하).

깊은 경험

수백 건의 ChIP-seq 프로젝트를 성공적으로 완료했습니다.

종합 분석

전문가 수준의 BI 분석은 최신 버전의 업계 표준 MACS2 소프트웨어와 프로그램을 활용해 모티프 예측, 피크 주석, 기능 분석, 데이터 시각화를 수행합니다. ChIP-seq와 유전자 발현 간의 상관관계를 탐구하기 위한 관련 분석도 함께 제공됩니다.

ChIP-seq 서비스의 활용

ChIP-seq는 규제 대응 솔루션을 제공하며 다음과 같은 맞춤형 연구 요구를 충족합니다:

TF regulations

전사인자가 전장 유전체 결합 부위를 프로파일링하고 모티프를 분석함으로써 유전자를 어떻게 조절하는지 이해할 수 있습니다.

Histone modification pattern

실험 처리나 시료 조건과 관련된 히스톤 변형 패턴을 아웃라인 할 수 있습니다.

RNA-seq 데이터와 융합

공동 분석을 통해 후성유전 프로필과 전사 조절 간의 관계를 조사할 수 있습니다.

세부사항

샘플 준비방법

샘플 양은 참고용으로만 제시되어 있습니다. 자세한 내용은 샘플준비 가이드를 다운로드하여 확인하세요. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

프로젝트 워크플로우

Novogene의 ChIP-seq 서비스는 시료 준비, DNA 라이브러리 준비, Illumina PE150 시퀀싱, 그리고 생물정보학 파이프라인을 활용한 데이터 분석의 네 단계로 구성됩니다. DNA 샘플링부터 데이터 보고서 작성까지 각 단계는 데이터의 품질과 양에 영향을 미치며, 이는 이후 생물정보학 분석 결과에 직접적인 영향을 줍니다. Novogene는 샘플 품질 관리, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱 데이터 품질 관리 등 모든 단계를 엄격히 검증하여 시퀀싱 데이터의 높은 품질과 정확성, 신뢰성을 보장하고, 종합적인 생물정보학 분석을 제공합니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

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시퀀싱 & 데이터 분석

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Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
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프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

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Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

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세부사항

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required Amount	Fragment size	Purity
Enriched DNA Sample	≥ 20 ng (Concentration ≥ 0.5 ng/μL)	100 bp~500 bp	A260/280=1.8-2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

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Platform	Illumina NovaSeq System
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Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
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프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

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Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

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시퀀싱 & 데이터 분석

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Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

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시퀀싱 & 데이터 분석

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Platform	Illumina NovaSeq System
Read Length	Pair-end 150 bp
Sequencing Depth	≥ 20 million read pairs per sample for the species with reference genome
Standard Data Analysis	Data Quality Control Mapping onto reference genome Fragment size prediction Peak calling Motif analysis Peak annotation and functional analysis of peak-associated genes Summary of differential peaks and functional analysis of differential peak related genes

프로젝트 워크플로우

데이터 분석 예시

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유전체 전반에 걸친 피크 분포

가로축은 염색체 내 피크들의 좌표입니다. 수직은 염색체이다. 파란색 막대 하나하나는 최고점을 나타냅니다

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모티프 서열

모티프 결과 파일에는 새롭게 인식된 모티프와 알려진 모티프 결과가 포함되어 있습니다

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Volcano Plot

각 비교 그룹별로, 다양한 피크 영역에서의 폴드 체인지와 FDR의 전체 분포를 화산 다이어그램 형태로 보여줍니다

프로젝트를 시작할 준비가 되셨나요?

문의 내용을 보내주시면 Novogene 전문가가 연락드리겠습니다.