Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)

RRBS

CpG가 풍부한 영역의 DNA 메틸화를 표적화하여 단일 염기 해상도로 프로파일링하고, 후성유전학적 조절 및 메틸화 패턴을 규명합니다.

Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)은 DNA 메틸화 패턴을 프로파일링하기 위해 설계된 표적 시퀀싱 기술로, 사람 및 동물 샘플의 CpG 섬과 기타 CpG 밀집 유전체 영역에 중점을 둡니다.

당사의 독자적인 RRBS 프로토콜은 메틸화에 민감하지 않은 제한효소 MspI를 사용하여 포유류 유전체에서 DNA 메틸화가 주로 발생하는 CpG 밀집 유전자좌의 DNA를 선택적으로 절단합니다. 이러한 CpG 밀집 영역을 농축한 후, 생성된 DNA 절편에 중아황산염 전환을 실시합니다. 이 핵심 단계에서는 비메틸화 시토신 잔기가 우라실로 탈아미노화되는 반면, 메틸화 시토신은 화학적으로 변하지 않습니다. 이후 고처리량 시퀀싱과 참조 유전체 정렬을 통해 단일 염기 해상도에서 시토신의 메틸화 상태를 정확하게 판별할 수 있습니다.

DNA 메틸화 분석을 위한 비용 효율적인 솔루션인 RRBS는 생물학적으로 중요한 영역(예: CpG 섬)만을 표적으로 하여 필요한 시퀀싱 데이터 양을 크게 줄이므로 대규모 코호트 연구에 매우 적합합니다. CpG 및 비-CpG 메틸화를 모두 포함하는 전장유전체의 종합적인 메틸화 프로파일링은 당사의 전장유전체 중아황산염 시퀀싱(WGBS) 서비스를 참조해 주세요.

Novogene RRBS 서비스의 장점

풍부한 경험

Novogene은 사람, 마우스, 랫드 및 소를 포함한 다양한 생물종을 대상으로 RRBS를 수행한 폭넓은 경험을 보유하고 있습니다.

고품질 데이터

업계 최고 수준의 표준을 충족하는 고품질 시퀀싱 데이터를 제공합니다.

생물정보학 지원

종합적인 생물정보학 지원을 제공하며 업계 표준 파이프라인의 최신 버전을 활용합니다.

신속한 결과 제공

대규모 시퀀싱 역량과 자동화되고 간소화된 워크플로를 통해 품질 저하 없이 데이터를 신속하게 제공합니다.

고객 서비스 시스템(CSS)

Novogene의 온라인 CSS는 프로젝트 관리를 간소화하고 모든 시퀀싱 프로젝트에 한곳에서 직접 접근할 수 있도록 합니다.

연구 분야에서 RRBS 활용

RRBS는 표적화된 비용 효율적인 방식으로 DNA 메틸화를 연구할 수 있는 강력한 도구이며 다음과 같은 다양한 분야에 활용됩니다.

암 연구

종양 발생과 관련될 수 있는 비정상적인 메틸화 패턴을 연구합니다.

발생생물학

발달 과정에서 일어나는 후성유전학적 변화와 이러한 변화가 발달 과정에 미치는 영향을 탐구합니다.

신경과학 및 노화

신경계 장애 또는 노화 과정과 관련된 메틸화 변화를 조사합니다.

환경 후성유전학

환경적 요인이 DNA 메틸화에 미치는 영향을 조사합니다.

약리학

약물 처리가 생물체의 메틸화에 미치는 영향을 연구합니다.

세부사항

샘플 준비방법

샘플 양은 참고용으로만 제시되어 있습니다. 자세한 내용은 샘플준비 가이드를 다운로드하여 확인하세요. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.

Sample Type	Required amount	Purity
Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required amount	Purity
Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

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Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

Sample Type	Required amount	Purity
Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

표시된 권장 데이터 산출량과 분석 내용은 참고용입니다. 맞춤형 요청에 대한 자세한 정보는 문의하기를 통해 확인해 주세요.

Platform	Illumina NovaSeq X plus
Read Length	Pair-end 150 bp
Recommended Data Amount	≥ 10 Gb clean data per sample
Standard Data Analysis	Data quality control MspⅠ cutting efficiency Alignment to the reference genome mC-calling Methylation level and frequency distribution DMS detection DMRs and DMPs detection and annotation Enrichment analysis of differentially methylated genes Visualization of BS seq data

프로젝트 워크플로우

Novogene RRBS 서비스는 네 단계로 구성됩니다. 첫 번째 단계인 샘플 준비에 이어 라이브러리 제작과 시퀀싱을 진행하며, 마지막으로 생물정보학 파이프라인을 사용해 데이터를 분석합니다. 메틸화 라이브러리를 제작하기 위해 제한효소 처리로 다양한 길이의 RNA 절편을 생성한 후, 중아황산염 처리를 통해 비메틸화 시토신을 우라실로 전환합니다. 이후 Illumina PE150을 사용하여 라이브러리를 시퀀싱하고 최종적으로 데이터 추출 및 생물정보학 분석을 수행합니다.

Novogene은 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해 모든 실험 단계를 엄격하게 검토합니다. 고품질 데이터 산출을 근본적으로 보장하기 위해 RRBS 라이브러리 풀의 품질 관리를 수행합니다. 양질의 데이터를 확보하는 것은 생물정보학 분석의 정확성, 포괄성 및 신뢰성을 보장하기 위한 전제 조건입니다.

시퀀싱 & 데이터 분석

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프로젝트 워크플로우

세부사항

샘플 준비방법

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샘플 준비방법

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샘플 준비방법

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Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

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시퀀싱 & 데이터 분석

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고품질 데이터

업계 최고 수준의 표준을 충족하는 고품질 시퀀싱 데이터를 제공합니다.

생물정보학 지원

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신속한 결과 제공

대규모 시퀀싱 역량과 자동화되고 간소화된 워크플로를 통해 품질 저하 없이 데이터를 신속하게 제공합니다.

고객 서비스 시스템(CSS)

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연구 분야에서 RRBS 활용

RRBS는 표적화된 비용 효율적인 방식으로 DNA 메틸화를 연구할 수 있는 강력한 도구이며 다음과 같은 다양한 분야에 활용됩니다.

암 연구

종양 발생과 관련될 수 있는 비정상적인 메틸화 패턴을 연구합니다.

발생생물학

발달 과정에서 일어나는 후성유전학적 변화와 이러한 변화가 발달 과정에 미치는 영향을 탐구합니다.

신경과학 및 노화

신경계 장애 또는 노화 과정과 관련된 메틸화 변화를 조사합니다.

환경 후성유전학

환경적 요인이 DNA 메틸화에 미치는 영향을 조사합니다.

약리학

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세부사항

샘플 준비방법

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샘플 준비방법

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샘플 준비방법

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Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

샘플 준비방법

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Genomic DNA	≥ 1 μg	A260/280=1.8-2.0

시퀀싱 & 데이터 분석

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프로젝트 워크플로우

시퀀싱 & 데이터 분석

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시퀀싱 & 데이터 분석

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시퀀싱 & 데이터 분석

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