Amplicon sequencing은 short read와 long read 방식을 모두 포함하며, 고급 미생물 군집 연구를 위한 종합적인 도구를 제공합니다. 타겟 앰플리콘 시퀀싱(16S/18S/ITS)은 차세대 염기서열 분석(NGS)을 활용해 변이가 큰 유전자 영역을 분석함으로써, 16S rRNA, 18S rRNA, ITS와 같은 보존된 유전자에 대해 보편적인 프라이머를 사용해 복잡한 샘플 내 미생물 종을 정확하게 식별합니다. 한편, 전장 앰플리콘 시퀀싱은 고충실도 PacBio Revio 기술을 이용해 보존된 전체 유전자 영역을 시퀀싱함으로써 분류학적 해상도를 극대화하며, 복잡한 미생물 생태계를 깊이 있고 상세하게 프로파일링할 수 있게 합니다.
60만 샘플 이상의 Amplicon 메타지놈 시퀀싱을 연간 제공
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지역별 기술지원팀과 연구소가 맞춤형이고 신속한 서비스를 제공합니다.
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복잡한 시료와 까다로운 연구 디자인에 맞추어 유연한 프로젝트를 설계합니다.
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QC 통과 후 약 2주 후 데이터 제공이 시작됩니다.
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Zymo 기준과 엄격한 컨탬 관리로 검증된 업계 최고 수준의 시퀀싱 품질을 제공합니다.
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복잡한 시료와 까다로운 연구 디자인에 맞추어 유연한 프로젝트를 설계합니다.
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QC 통과 후 약 2주 후 데이터 제공이 시작됩니다.
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Zymo 기준과 엄격한 컨탬 관리로 검증된 업계 최고 수준의 시퀀싱 품질을 제공합니다.
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Amplicon 시퀀싱이 어떻게 연구를 향상시키고 미생물 군집에 대한 귀중한 통찰을 제공하는지 알아보세요.
16S/18S/ITS 영역을 표적으로 하여 복잡한 시료 내 미생물을 식별하고 분류할 수 있으며, 배양할 필요가 없습니다.
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고변이 유전자 영역을 이용해 문에서 종에 이르는 미세한 미생물 분류를 달성하다.
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샘플 간 미생물 다양성, 풍부도, 그리고 구성 차이를 측정합니다.
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고급 데이터베이스 매칭을 통해 희귀하거나 미분류된 미생물을 찾아내고, 새로운 후보를 식별합니다.
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분류학적 프로파일을 대사나 저항성과 같은 기능적 경로와 연결합니다.
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환경 변화나 숙주 요인과 관련된 미생물 변화를 이해한다.
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16S/18S/ITS 영역을 표적으로 하여 복잡한 시료 내 미생물을 식별하고 분류할 수 있으며, 배양할 필요가 없습니다.
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고변이 유전자 영역을 이용해 문에서 종에 이르는 미세한 미생물 분류를 달성하다.
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샘플 간 미생물 다양성, 풍부도, 그리고 구성 차이를 측정합니다.
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
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| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
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| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
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| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
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| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
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| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
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| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
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| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
Each curve represents a sample, colored and shaped by sample name. The X-axis shows sequence numbers, and the Y-axis shows observed OTUs.
The UPGMA tree on the left is paired with a relative abundance heatmap of phyla on the right, based on Weighted Unifrac Distance.
Each point represents a sample, plotted by two principal components on the X and Y axes, with color coding by group. The axes percentages show the contribution to sample disparity.
Each point represents a sample, with the first and second principal components on the X and Y axes respectively, colored by group.
The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
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The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
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The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
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Amplicon sequencing은 short read와 long read 방식을 모두 포함하며, 고급 미생물 군집 연구를 위한 종합적인 도구를 제공합니다. 타겟 앰플리콘 시퀀싱(16S/18S/ITS)은 차세대 염기서열 분석(NGS)을 활용해 변이가 큰 유전자 영역을 분석함으로써, 16S rRNA, 18S rRNA, ITS와 같은 보존된 유전자에 대해 보편적인 프라이머를 사용해 복잡한 샘플 내 미생물 종을 정확하게 식별합니다. 한편, 전장 앰플리콘 시퀀싱은 고충실도 PacBio Revio 기술을 이용해 보존된 전체 유전자 영역을 시퀀싱함으로써 분류학적 해상도를 극대화하며, 복잡한 미생물 생태계를 깊이 있고 상세하게 프로파일링할 수 있게 합니다.
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지역별 기술지원팀과 연구소가 맞춤형이고 신속한 서비스를 제공합니다.
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복잡한 시료와 까다로운 연구 디자인에 맞추어 유연한 프로젝트를 설계합니다.
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QC 통과 후 약 2주 후 데이터 제공이 시작됩니다.
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Zymo 기준과 엄격한 컨탬 관리로 검증된 업계 최고 수준의 시퀀싱 품질을 제공합니다.
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Amplicon 시퀀싱이 어떻게 연구를 향상시키고 미생물 군집에 대한 귀중한 통찰을 제공하는지 알아보세요.
16S/18S/ITS 영역을 표적으로 하여 복잡한 시료 내 미생물을 식별하고 분류할 수 있으며, 배양할 필요가 없습니다.
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고변이 유전자 영역을 이용해 문에서 종에 이르는 미세한 미생물 분류를 달성하다.
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샘플 간 미생물 다양성, 풍부도, 그리고 구성 차이를 측정합니다.
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고급 데이터베이스 매칭을 통해 희귀하거나 미분류된 미생물을 찾아내고, 새로운 후보를 식별합니다.
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분류학적 프로파일을 대사나 저항성과 같은 기능적 경로와 연결합니다.
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환경 변화나 숙주 요인과 관련된 미생물 변화를 이해한다.
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샘플 간 미생물 다양성, 풍부도, 그리고 구성 차이를 측정합니다.
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고급 데이터베이스 매칭을 통해 희귀하거나 미분류된 미생물을 찾아내고, 새로운 후보를 식별합니다.
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분류학적 프로파일을 대사나 저항성과 같은 기능적 경로와 연결합니다.
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환경 변화나 숙주 요인과 관련된 미생물 변화를 이해한다.
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
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| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
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| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
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| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
샘플 양은 참고용으로만 제시되어 있습니다. 자세한 내용은 샘플준비 가이드를 다운로드하여 확인하세요. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Sample Type | Amount | Volume | Concentration | Purity |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplicon Metagenomic Sequencing | Genomic DNA | ≥ 200 ng | ≥ 20 μL | ≥ 10 ng/μL | OD260/280 = 1.8-2.0, No degradation, no contamination, no color |
| PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | Genomic DNA | ≥ 300 ng | ≥ 30 μL | ≥ 10 ng/μL |
권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
권장 데이터 생산량과 표시되는 분석 내용은 참고용일 뿐입니다. 자세한 정보가 필요하시면 맞춤 요청을 가지고 저희에게 연락해주세요.
| Service | Amplicon Metagenomic Sequencing | PacBio Full -Length 16S/18S/ITS | ||
|---|---|---|---|---|
| Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System | PacBio Revio | ||
| Data Output | 50K/100K/500K raw tags | 10K/20K/30K/50K/100k clean reads | ||
| Qiime1 or Qiime2 | Standard Analysis | Data Quality Control OTU/ASV Clustering Taxonomic Annotation Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta Diversity Analyses (UPGMA, PCA, PCoA, NMDS) Community Differences Analyses (Anosim, MRPP, Adonis, Simper) Statistical Analyses (T-Test, MetaGenomSeq, Wilcoxon test, Kruskal-Wallis Test, LEfSe) Function Prediction (Qiime2 Only) Community Assembly Mechanisms( beta NTI, NST, iCAMP) | Qiime2 | DADA2 denoise, OTU/ASV annotation and relative abundance analysis Alpha diversity analysis (rarefaction curve, species boxplot) Beta diversity analysis (heatmap, PCoA, PCA, NMDS) Comparative analysis between groups and within group (Adonis, Anosim, t-test, MetaGenomeSeq, LEfSe) Function prediction |
| Advanced Analysis | Environmental association analysis (Spearman, CCA/RDA, VPA analysis) Correlation analysis (Network analysis, Network3D) |
|||
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
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| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
| Types | Amplified Region | Fragment Length | Primers | Sequences (5’- 3’) |
|---|---|---|---|---|
| Bacterial 16S | V4 | 300 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V3-V4 | 470 bp | 341F | CCTAYGGGRBGCASCAG | |
| 806R | GGACTACNNGGGTATCTAAT | |||
| V4-V5 | 450 bp | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | |
| 907R | CCGTCAATTCCTTTGAGTTT | |||
| V5-V7 (for endophytic) | 435 bp | 799F | AACMGGATTAGATACCCKG | |
| 1193R | ACGTCATCCCCACCTTCC | |||
| 16S Full-length (V1-V9) | ~1500 bp | F | AGRGTTYGATYMTGGCTCAG | |
| R | RGYTACCTTGTTACGACTT | |||
| Archaea V4 (AKA. Novel Archaea V4) | V4-V5 | 415 bp | Arch519F | CAGCCGCCGCGGTAA |
| Arch915R | GTGCTCCCCCGCCAATTCCT | |||
| Fungal 18S | V4 | 350 bp | 528F | GCGGTAATTCCAGCTCCAA |
| 706R | AATCCRAGAATTTCACCTCT | |||
| 18S Full-length (V1-V9) | ~1800 - 2000 bp | Euk-A | AACCTGGTTGATCCTGCCAGT | |
| Euk-B | GATCCTTCTGCAGGTTCACCTAC | |||
| Fungal ITS | ITS1 | 200-400 bp | ITS5-1737F | GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG |
| ITS2-2043R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | 380 bp | ITS3-2024F | GCATCGATGAAGAACGCAGC | |
| ITS4-2409R | TCCTCCGCTTATTGATATGC | |||
| ITS1-1F (for endophytic) | 200-400 bp | ITS1-1F-F | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | |
| ITS1-1F-R | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS Full-length (1-2) | ~500 - 800 bp | ITS9munngs | TACACACCGCCCGTCG | |
| ITS4ngsUni | CCTSCSCTTANTDATATGC |
Novogene은 프로젝트 전 과정에 걸쳐 고품질 제품과 전문 서비스를 제공합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준을 충족하도록 신중하게 설계되고 수행되어 뛰어난 연구 성과를 보장합니다. 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해, 각 단계마다 엄격한 품질 관리(QC) 조치가 시행됩니다. 이 작업 흐름은 시료 준비 및 정량, 분해 및 라이브러리 준비, 라이브러리 품질 관리, 시퀀싱, 그리고 생물정보학 분석과 같은 주요 단계를 포함합니다.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
Each curve represents a sample, colored and shaped by sample name. The X-axis shows sequence numbers, and the Y-axis shows observed OTUs.
The UPGMA tree on the left is paired with a relative abundance heatmap of phyla on the right, based on Weighted Unifrac Distance.
Each point represents a sample, plotted by two principal components on the X and Y axes, with color coding by group. The axes percentages show the contribution to sample disparity.
Each point represents a sample, with the first and second principal components on the X and Y axes respectively, colored by group.
The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
Each curve represents a sample, colored and shaped by sample name. The X-axis shows sequence numbers, and the Y-axis shows observed OTUs.
The UPGMA tree on the left is paired with a relative abundance heatmap of phyla on the right, based on Weighted Unifrac Distance.
Each point represents a sample, plotted by two principal components on the X and Y axes, with color coding by group. The axes percentages show the contribution to sample disparity.
Each point represents a sample, with the first and second principal components on the X and Y axes respectively, colored by group.
The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
Each curve represents a sample, colored and shaped by sample name. The X-axis shows sequence numbers, and the Y-axis shows observed OTUs.
The UPGMA tree on the left is paired with a relative abundance heatmap of phyla on the right, based on Weighted Unifrac Distance.
Each point represents a sample, plotted by two principal components on the X and Y axes, with color coding by group. The axes percentages show the contribution to sample disparity.
Each point represents a sample, with the first and second principal components on the X and Y axes respectively, colored by group.
The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
Y축은 '상대적 풍부도'를, X축은 '샘플 이름'을 나타냅니다. '기타'는 상위 10개 문을 제외한 모든 문의 상대적 풍부도를 합한 값을 의미합니다.
X축은 샘플 이름을, Y축은 속을 나타냅니다. 'z' 값은 원점수에서 평균까지의 거리를 표준편차로 나타낸 것으로, 음수 'z' 값은 평균보다 낮은 점수를 의미합니다.
각 원은 샘플이나 그룹을 나타냅니다. 겹치는 영역은 공통된 특징 서열을 나타내고, 겹치지 않는 영역은 각 샘플에 특이한 고유 서열을 보여줍니다.
Branches are colored by phyla, with genus-level relative abundance shown outside the circle. Different colors represent groups.
Each curve represents a sample, colored and shaped by sample name. The X-axis shows sequence numbers, and the Y-axis shows observed OTUs.
The UPGMA tree on the left is paired with a relative abundance heatmap of phyla on the right, based on Weighted Unifrac Distance.
Each point represents a sample, plotted by two principal components on the X and Y axes, with color coding by group. The axes percentages show the contribution to sample disparity.
Each point represents a sample, with the first and second principal components on the X and Y axes respectively, colored by group.
The histogram shows LDA scores of biomarkers (species) with significant abundance differences among groups.
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