서비스
전사체 시퀀싱 (WTS)
전사체 전체 시퀀싱 (Whole Transcriptome Sequencing, WTS)은 폴리아데닐화 (polyadenylation) 여부와 관계없이 코딩 및 비코딩 RNA 전사체를 모두 포괄적으로 분석할 수 있는 기술입니다. mRNA-seq, lncRNA-seq, sRNA-seq, circRNA-seq와 같은 타겟 기반 접근 방식과 달리, WTS는 전체 전사체에 대한 보다 넓고 통합적인 분석을 가능하게 하며, 유전자 발현 차이 분석 및 신규 전사체 발굴에 이상적인 솔루션입니다.
Novogene의 WTS 서비스는 mRNA 및 lncRNA, sRNA, circRNA를 포함한 모든 RNA 전사체에 대한 심층 생물정보학 분석을 제공하는 최첨단 NGS 솔루션을 연구자에게 제공합니다. 페어드엔드 시퀀싱 전략을 활용하여 유전자 및 전사체 수준을 정밀하게 정량화하고, 스플라이스 변이 및 새로운 전사체 특징을 식별할 수 있습니다. 이 경쟁력 있는 접근 방식은 전사 및 조절 네트워크 메커니즘을 탐색하고, 전사체 수준에서의 상호작용 기능성에 대한 핵심적인 통찰을 제공합니다.
응용 분야 (Applications)
Whole Transcriptome Sequencing finds its applications in:
- mRNA 및 ncRNA를 한 번의 시퀀싱으로 동시 분석
- miRNA 스펀지 및 표적 조절 요소 탐색
- lncRNA/circRNA–miRNA–유전자 간의 조절 네트워크 분석
노보진 서비스의 장점 및 특징
- 당사는 수많은 전사체 시퀀싱 프로젝트를 성공적으로 수행해왔으며, 그 중 다수가 학술지에 게재되어 당사의 신뢰성과 연구자들의 신뢰를 입증하고 있습니다.
- 표준화된 소프트웨어와 당사의 검증된 자체 파이프라인을 활용하여, 다양한 생물정보학 분석 요구에 맞춘 포괄적인 분석 서비스를 제공합니다.
- Q30 점수 ≥ 85%를 보장하는 탁월한 시퀀싱 데이터 품질을 제공하며, 이는 Illumina의 공식 기준(≥ 75%)을 초과하는 수준입니다.
사양: RNA 샘플 준비 지침
Library Type | Sample Type | Amount | RNA Integrity Number (Agilent 2100) | Purity (NanoDrop) |
lncRNA Library & small RNA Library | Total RNA | ≥ 2.5 μg | Animal ≥ 7.5, Plant ≥ 7, with smooth baseline | A260/280 = 1.8-2.2; A260/230 ≥ 1.8; |
lncRNA library & small RNA library & circRNA library | ≥ 4.5 μg |
사양: 시퀀싱 및 분석
Sequencing Platform | Illumina NovaSeq System |
Read length | Paired-end 150bp for lncRNA/circRNA library Single-end 50bp for small RNA library |
Recommended Data Amount | ≥ 40 million read pairs per sample (lncRNA library); 10-20 million reads per sample (small RNA library); |
Content of Data Analysis |
• Individual ncRNA analysis package |
프로젝트 진행 과정
노보진은 프로젝트의 모든 과정에서 최고 수준의 품질과 전문적인 서비스를 제공하여 연구자들이 신뢰할 수 있는 결과를 얻을 수 있도록 지원합니다. 모든 단계는 엄격한 과학적 기준에 따라 설계되고 수행되며, 시퀀싱 데이터의 정확성과 신뢰성을 보장하기 위해 철저한 품질 관리(QC) 절차가 적용됩니다.
전체 워크플로우는 샘플 준비 및 정량화, DNA 절단 및 라이브러리 제작, 라이브러리 품질 검증, 시퀀싱, 생물정보 분석 등의 주요 단계로 이루어져 있습니다.
Correlation Analysis of circRNA and miRNA and mRNA
The circRNA-miRNA-gene triplets in which circRNA, miRNA, and genes are all differentially expressed were selected, and their numbers were counted in each comparison.
Figure 1 circRNA-miRNA-gene counting and networks
The histogram graph shows the number of differentially expressed genes, circRNA, miRNA in lncRNA-miRNA-gene triplets in each comparison.
The circRNA-miRNA-gene triplets in which circRNA, miRNA, and genes are all differentially expressed were selected, and their numbers were counted in each comparison.
Interaction Network of circRNA-miRNA-gene
circRNA는 miRNA 결합 부위를 포함하고 있어, miRNA 스펀지 역할을 수행함으로써 해당 miRNA 계열의 하위 표적 유전자 발현을 억제하지 못하도록 경쟁적으로 miRNA를 흡수합니다. 경쟁적 내인성 RNA(ceRNA) 가설에 기반하여, 동일한 miRNA에 의해 타겟팅되는 circRNA와 유전자를 필터링하고, ceRNA 조절 네트워크를 구축하여 전사체 수준에서 circRNA의 발현 조절 메커니즘을 규명합니다.
Note:
해당 그림에서 서로 다른 도형은 RNA 유형을 나타내며, 서로 다른 색상은 RNA 유전자의 발현 변화(상향 또는 하향 조절)를 의미합니다. 노드의 크기는 연결 정도(degree)에 비례하며, 연결된 선이 많을수록 노드의 degree가 높아지고, 이에 따라 크기도 커집니다. 이러한 노드들은 네트워크 내에서 중심적인 위치에 있을 가능성이 높습니다.